2003年から2005年までは年末3日間の開催であったが、2006年から4日間の開催となる。2006年と2007年については年末3日間+元日の4日間開催であったが、翌年2008年から年末4日間の開催へと変更されている。2006年から2008年はインテックス大阪でCOUNTDOWN JAPAN WESTが開かれた。
会場は当初幕張メッセ国際展示場のうち1〜7ホールを使用していたが、2004年から8ホール、2008年からイベントホール、2014年から9〜11ホールをそれぞれ追加している。2013年のCOUNTDOWN JAPAN 13/14では、会場の都合上12月28日のみイベントホールを使用しない形で公演が行われた。
タイトルにその年と来年の年が末尾に加わる(例:2015年に行われる場合、COUNTDOWN JAPAN 15/16)。